Apache

1. На сервере установлен русский apache?
Нет.

2. Какая кодировка на сервере установлена по умолчанию?
На сервере не используется mod_charset, поэтому вопрос не корректен. Для удобства сортировка в mysql осуществляется в кодировке windows cp1251.

3. Какой файл открывается по умолчанию при вызове домена http://mydomain.ru?
По умолчанию открывается файлы: index.htm index.html index.shtml index.cgi index.php3 index.php index.php4 index.phtml index.wml

4. Как установить другое имя файла, вызываемого по умолчанию при вызове домена http://mydomain.ru?
Если Вы хотите, чтобы при вызове домена http://mydomain.ru без явного указания имени файла открывался, например, файл main.html, то поместите в директорию public_html файл .htaccess, содержащий строку:
DirectoryIndex main.html